سایت تابناک وابسته به محسن رضایی سلسله گفتارهایی را در باره حاج سید احمد خمینی منتشر کرده که در آن مدام تاکید می شود که حاج احمد خود را مطیع سید علی خامنه ای می دانسته است و اطاعت از وی را واجب! در حالی که بنا بر اعترافات سعید امامی که سید حسن خمینی آن را بازگو کرده است چنین می خوانیم: وقتی باخبر شدیم که حاج احمد آقا در جلسات خصوصی به مسئولان نظام و حتی به ولایت امر اهانت میکند. آن را ارجاع دادیم و بلافاصله دستور آمد که همه رفتوآمدهای ایشان را زیر نظر بگیرید و از مکالمات و ملاقاتهای ایشان نوار تهیه کنید. ما هم بمدت یکسال همین کار را کردیم. متاسفانه حاج احمد آقا به راه یکطرفه بدی وارد شده بود که برگشت نداشت. وقتی دستور حذف حاج احمد آقا را آقای فلاحیان به من ابلاغ کرد مضطرب شدم و حتی به تردید فرو رفتم. دو روز بعد، همراه با آقای فلاحیان به دیدار آیتالله مصباح [یزدی] رفتیم، آقایان محسنی اژهای و بادامچیان هم آنجا بودند البته بعدا حاج آقا خوشوقت هم از بیت رهبری آمدند آنجا و نظر جمع بر این بود که نباید به کسانی که با ولی امر مسلمین خصومت میکنند، رحم کرد.
به نظر می رسد که محسن رضائی با نشان دادن برخی مخالفخوانی های سطحی قصد داشت در این بحران حاکمیت قیمتش را کمی بالا ببرد و قمیش بیاید تا مزد بیشتری برای خوشرقصی بتواند دریافت کند . به نظر می رسد سردار اسبق موفق شده است بهای مورد تقاضا را کسب کند . وگرنه چه دلیلی داشت یک نفر از حزب مؤتلفه اسلامی همان حزبی که بادامچیان یکی از افراد ارشد آن است، کسی را بیاورند که در باره ارادت احمد خمینی به شخص خامنه ای اظهار نظر کند؟در ویکی پدیا می خوانیم که: بعد از مرگ ناگهانی احمد خمینی در ۲۵ اسفند ۱۳۷۳ که بر اساس اعلام منابع دولتی، بر اثر سکته قلبی اعلام شد، شایعاتی در مورد طبیعی نبودن مرگ وی وجود داشت، تا این که بعد از ماجرای قتلهای زنجیرهای پاییز ۱۳۷۷ و بحثهایی که در این زمینه در مطبوعات ایران از سوی دوم خردادیها و رقبایشان جریان داشت، عماد الدین باقی از چهرههای مطبوعاتی، مدعی شد که سید حسن خمینی پسر احمد خمینی به وی گفتهاست که حجتالاسلام نیازی رئیس دادگاه نیروهای مسلح که پرونده رسیدگی به این ماجرا به وی سپرده شده بود، در دیداری با او (سیدحسن خمینی) گفتهاست که مجرمان قتلهای زنجیرهای گفتهاند که احمد خمینی توسط محفل قتلهای زنجیرهای کشته شده است. این حرفها را عمادالدین باقی در یک جلسه گفتگو و مناظره در جمع دانشجویان در اصفهان که قرار بود فلاحیان هم در آن شرکت کند اظهار داشته بود. این گفته او از سوی نیازی تکذیب شد و او به اتهام نشر اکاذیب تحت تعقیب قرار گرفت. عماد الدین باقی از سید حسن خمینی خواستار شد که در زمینهٔ درستی یا نادرستی گفتههای او اظهار نظر کند. که سید حسن خمینی در نامهای، درستی اظهارات عمادالدین باقی را تایید کرد.[۳][۴][۵]
دکتر جمشید پرتوی، متخصص قلب و پزشک سید احمد خمینی نیز در ۱۰ دی ۱۳۷۷ در تهران و در منزل مسکونیاش کشته شد.[۵جا داشت برای رعایت آنچه صداقت و بی طرفی گفته می شود، اگر سایت تابناک امکان بررسی قتل احمد خمینی را نداشت، حدال دهان فرو می بست و دست خود مشارکت برای پنهان کردن یک قتل آلوده نمی کرد. البته سردار رضایی بلاخره یک روز باید خودش در مورد قتل چهار ترکمن توماج، مختوم ،واحدی و جرجانی توضیح بدهد. به امید آن روز
دکتر جمشید پرتوی، متخصص قلب و پزشک سید احمد خمینی نیز در ۱۰ دی ۱۳۷۷ در تهران و در منزل مسکونیاش کشته شد.[۵جا داشت برای رعایت آنچه صداقت و بی طرفی گفته می شود، اگر سایت تابناک امکان بررسی قتل احمد خمینی را نداشت، حدال دهان فرو می بست و دست خود مشارکت برای پنهان کردن یک قتل آلوده نمی کرد. البته سردار رضایی بلاخره یک روز باید خودش در مورد قتل چهار ترکمن توماج، مختوم ،واحدی و جرجانی توضیح بدهد. به امید آن روز